A luta pela libertação da opressão indonésia e a conquista da independência de Timor-Leste em 2002, depois da realização do referendo em 1999, foram grandes causas que mobilizaram e uniram o povo português. Nos finais da década de 90 realizaram-se grandes manifestações, concentrações e vigílias em várias cidades portuguesas pela autodeterminação de Timor Leste. A solidariedade com o povo timorense cresceu nas ruas, contou com a ação empenhada das esquerdas de então e envolveu amplos setores da sociedade.
A heróica luta que o povo timorense manteve desde a invasão do território pela Indonésia, em dezembro de 1975, ganhou grande visibilidade na agenda internacional após o massacre de Santa Cruz, em 1991. Uma romagem com mais de mil pessoas dirigiu-se para o Cemitério de Santa Cruz, onde tinha sido sepultado Sebastião Gomes, assassinado semanas antes numa manifestação pela independência. Tropas indonésias estavam no local e abriram fogo indiscriminadamente.
Os jornalistas Max Stahl e Steve Cox recolheram imagens e sons do massacre brutal e conseguiram enviar esses testemunhos para fora do território e colocá-los na imprensa internacional. O isolamento diplomático da Indonésia, depois de ter sido apoiada pelos EUA na invasão de 1975, começou a revelar-se, ano após ano, cada vez mais insustentável, ao mesmo tempo que a guerrilha mantida pela Fretilin nas montanhas aumentava a pressão sobre o regime de Suharto, um ditador que se mantinha no poder desde 1965.
Num esforço de procurar conter a luta pela autodeterminação e independência, o exército ocupante consegue capturar, em 1992, Xanana Gusmão, o líder da guerrilha timorense. Num julgamento em que assume a sua própria defesa e acusa o regime de Suharto de oprimir o seu povo, é condenado por um tribunal indonésio a prisão perpétua. Torna-se um símbolo reconhecido internacionalmente da luta do povo de Timor Leste. É visitado na prisão de Cipinang, em Jacarta, por Nelson Mandela.
Em 1996, o bispo Ximenes Belo, defensor da autodeterminação, e José Ramos-Horta, dirigente da resistência na frente diplomática, recebem o Prémio Nobel da Paz. A balança começava a pender de forma determinante para o lado da luta timorense, enquanto a guerrilha mantinha as suas posições no território e a mobilização popular aumentava.
O ditador Suharto cai em 1998, a braços com uma crise económica de grandes proporções. É substituído por Habibie que, para além da crise económica e das revoltas populares contra o empobrecimento, tem de enfrentar outros movimentos autonomista armados em Aceh e na Papua Ocidental.
Finalmente, em 1999, Jacarta admite a realização do referendo pela autodeterminação de Timor Leste. Em questão estiveram duas opções: ou autonomia ou separação da Indonésia. Apesar da intimidação violenta e do clima de medo promovido por grupos ao serviço dos indonésios, mais de 78% dos timorenses pronunciaram-se pela independência.
A Indonésia ficou obrigada a rever as leis que enquadraram a anexação em 1976, retirar-se do território e entregar a administração a uma autoridade de transição, sob a égide da ONU, até o poder ser entregue aos timorenses. Foi a vitória de uma luta heróica de 25 anos pela liberdade.